三种黄连均含①生物碱类：主要为小檗碱，呈盐酸盐存在。其次为黄连碱、甲基黄连碱（云连无）、巴马亭、药根碱、表小檗碱、木兰碱等。②尚含酸性成分阿魏酸、绿原酸等。黄连碱和表小檗碱是黄连的特征性成分。据测定黄连中小檗碱含量以栽培6年者最高。
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