直肠黏膜属类脂屏障，对药物分子有选择透过性。脂溶性好、不解离型的药物透过性好、最易吸收；未解离的分子愈多、透过性愈好，吸收愈快；高度解离的药物，如季铵盐类化合物透过极微或不透过、很难吸收。通常弱酸性药物pKa>4.3，弱碱性药物pKa10，吸收则慢（不是吸收则快），而药物的解离度可受用药部位pH值的影响，故降低弱酸性药物pH值或升高弱碱性药物pH值均可增加吸收。
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