免疫器官是指实现免疫功能的器官或组织，分为：
1.中枢免疫器官（一级免疫器官）：是免疫细胞由不成熟发育为成熟的免疫细胞的，场所，并对外周淋巴器官的免疫功能的强弱起调控作用。它包括胸腺、骨髓、鸟类法氏囊或类囊器官。
2.外周免疫器官（二级免疫器官）是免疫细胞聚集增殖和免疫应答发生的场所。包括淋巴结、脾及黏膜相关淋巴组织等。
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